В официальной медицине ягоды можжевельника применяют в качестве мочегонного, отхаркивающего, улучшающего пищеварение препарата. Кроме того, можжевельник входит в состав микстуры Здренко, употребляемой при лечении папилломатоза мочевого пузыря, анацидного гастрита и пептической язвы. Применяют можжевельник и его масло для ингаляций при заболеваниях дыхательных путей.
Настой можжевельника оказывает мочегонное действие, что связывают в основном с присутствием в ягодах растения эфирного масла и содержащегося в нем терпинеола, который усиливает фильтрацию в почечных клубочках и тормозит обратную резорбцию ионов натрия и хлора в извитых канальцах почек. Кроме того, галеновые препараты плодов можжевельника повышают желчеобразование и желчевыделение, усиливают секрецию желудочного сока, незначительно усиливают перистальтику кишечника и оказывают бактерицидное действие. Однако при длительном приеме препаратов можжевельника наблюдается раздражение почечной паренхимы. Эфирное масло, содержащееся в можжевельнике, усиливает секрецию бронхиальных желез, способствует разжижению секрета и облегчает его выведение благодаря повышению активности реснитчатого эпителия слизистых оболочек дыхательных путей.
Настойку ягод можжевельника применяют в качестве мочегонного средства при отеках, асците, воспалении мочевого пузыря и др. Выделяясь через почки, эфирное масло раздражает их, вследствие чего повышается диурез. Эфирное масло также оказывает и противомикробное действие.
Плоды можжевельника обыкновенного содержат эфирное масло (до 2%), в состав которого входят пинен, кадинен, терпинеол, дипентен, сабинен, борнеол, изоборнеол, юнеол, юниперкамфора, цедрол.
Кроме эфирного масла, в ягодах можжевельника много сахара (до 40%), смолы малоизученного состава (до 9%), пектиновых веществ, органических кислот (яблочной, уксусной, муравьиной) и красящего вещества – юниперина.
Стебли и хвоя можжевельника также содержат эфирное масло. В его коре найдены дубильные вещества (до 8%) и эфирное масло (до 0,5%), в хвое – аскорбиновая кислота (около 266 мг/100 г). Из древесины можжевельника обыкновенного выделены также дитерпеновые спирты, как ферругинол и сучиол.